Должность заместителя руководителя Администрации президента Российской Федерации введена в 1993 году, хотя ещё в 1991 году управляющий делами Администрации президента РСФСР А. И. Третьяков назначался первым заместителем руководителя Администрации президента РСФСР.

Ниже приведен список лиц, занимавших должности первого заместителя и заместителя руководителя Администрации президента Российской Федерации с 1993 г. После даты стоит номер указа президента Российской Федерации, которым было произведено назначение или освобождение от должности.

Указом президента Российской Федерации от 7 мая 2000 г. № 835 (после вступления в должность президента В. В. Путина) были приняты заявления первого заместителя и заместителей руководителя Администрации президента об освобождении от занимаемых должностей и поручено им впредь до сформирования Администрации президента и осуществления в установленном порядке назначений на данные должности исполнять свои обязанности.

Указом президента Российской Федерации от 30 апреля 2008 г. № 634 установлено, что замещение должностей федеральной государственной гражданской службы в Администрации президента, назначение на которые производится президентом Российской Федерации, осуществляется федеральными государственными гражданскими служащими в течение срока исполнения президентом Российской Федерации своих полномочий (т.о. с момента вступления в должность президента Д. А. Медведева 7 мая 2008 г. заместители руководителя Администрации президента освобождались от своих должностей без принятия каких-либо специальных правовых актов).

Указом президента Российской Федерации от 7 мая 2008 г. № 718 федеральным государственным гражданским служащим Администрации президента, назначенным на должности президентом Российской Федерации, прекратившим исполнение своих полномочий, поручено временно исполнять обязанности по замещаемым ими должностям впредь до осуществления президентом Российской Федерации соответствующих назначений.